Dawna posiadłość kapituły katedralnej włocławskiej (od 1239 r.) Kościół przez nia fundowany w XIII w., a najpóźniej w 1 poł. XIV w. Światynia obecna, w swej najstarszej części, miała powstać ok 1312 r. Pierwszy proboszcz bądkowski, ks. Paweł, znany z 1422 r. Do XIX w. kościół bądkowski przetrwał bez zmian. Dopiero w 1870 r. dobudowano małą kaplicę (ta kaplica nie pasowała do kościoła i w późniejszych latach została rozebrana).

Na poczatku XX w., gdy parafia znacznie wzrosła w liczbę wiernych, w latach 1913-1921 kościół został rozbudowany. Według projektu Jarosława Wojciechowskiego z Warszawy dobudowano od zachodniej strony nowa nawę z wyniosłą wieżą. Z dawmej nawy nawy zrobiono prezbiterium, a w dawnym prezbiterium urządzono zakrystię. Tak przebudowaną świątynię dnia 31 lipca 1921 r. konsekrował sufragan włocławski biskup Wojciech Owczarek. Polichromia z lat 1950-1952 wykonana przez prof. Drapiewskiego, została odnowiona w latach 1980-1981. W ścianie płd. zachował sie portal z XIV w. Ołtarz główny , restaurowny w 1980 r., w nim obrazy przedstawiajace koronacje Najśw. Marii Panny oraz postać św. Mateusza.

W lewym ołtarzu boczym obraz św. Anny Samotrzeć, Ambona późnobarokowa, z XVIII w. Chrzcielnica z ok. 1800 r.  Organy 10 głosowe i 3 dzwony. Dzwony parafii Bądkowo zostały zrabowane przez Najemców 25 II 1918 r. jeden miał napis "S. Stanislaus. Von Jerusalem Anno Domini 1599", ważył ok 200 kg, a drugi "Sit nomen Domini benedictum" ważył ok 100 kg. Parafianie znów kupili dwa dzwony. Poświęcenie ich odbyło sie w Wielkanoc 1925 roku. Jeden otrzymał imie Jan a drugi Franciszek. Te zostały zrabowane przez Niemców po 1939 roku, ale po 1945 zostały odnalezione i wróciły do parafii.